این سازمان در سال ۱۳۴۸ برای کسب توان نظامی برای شروع عمل مسلحانه با سازمان فلسطینی الفتح و استفاده از امکانات آن برای آموزش‌های چریکی و مسلحانه ارتباط برقرار کرد. تعدادی از افراد این گروه اعزام شدند تا آموزش های لازم برای عملیات های مسلحانه را ببینند و تدارکات نظامی نیز در اختیار سازمان قرار دهد.

تقی شهرام، یکی از اعضای زندانی سازمان در زندان قصر با افشانی از محکومان چریک‌های فدایی خلق و علیرضا شکوهی رهبر گروه ستاره سرخ و حسین عزتی عضو آن گروه آشنا شد و معلومات مارکسیستی خود را نزد آنان تکمیل کرد و ایدئولوژی این گروه کاملا تغییر کرد و پس از آن افراد باقی مانده از این گروه بیشتر این عده به دور شخصی به نام «مسعود رجوی» گرد آمدند.

نام سازمان مجاهدین خلق پس از متلاشی شدن سازمان، اولین بار پس از پیروزی انقلاب اسلامی دوباره مطرح شد. رجوی و همفکرانش نفرات آزاد شده و اعضای پراکنده گروه را جمع کردند و  «سازمان مجاهدین خلق ایران» را بار دیگر پایه‌گذاری کردند.